La histórica controversia sobre la propiedad del Castillo de Sancti Petri sigue vigente entre Chiclana de la Frontera y San Fernando. Esta disputa territorial, profundamente arraigada entre chiclaneros e isleños, incluso llegó a los tribunales.

En 2003, Chiclana de la Frontera incluyó el castillo en su Plan General de Ordenación Urbana (PGOU). Esta acción provocó la reacción del Ayuntamiento de San Fernando, que ya contemplaba el castillo en su propio PGOU y decidió recurrir la decisión ante el Tribunal Superior de Justicia de Andalucía (TSJA).

Finalmente, el TSJA falló a favor del Ayuntamiento de San Fernando, dictaminando que el castillo se encuentra dentro del término municipal de La Isla. 

No obstante, el castillo de Sancti Petri continúa y continuará siendo un símbolo de la rivalidad entre ambos municipios.