La inauguración de Bahía Sur en 1992 llevó a la construcción de un apeadero de la línea C-1 de Cercanías Cádiz, cercano al centro comercial y nombrado como Bahía Sur.
Fue en 2002 -el año en el que se tomaron estas imágenes- cuando se llevó a cabo el soterramiento de las vías para mejorar la línea Cádiz-Sevilla, afectando a la antigua estación central de San Fernando. Es por ello que comenzó la adaptación del apeadero de Bahía Sur para construir una nueva estación que albergara la parada de los trenes de Media Distancia y Larga Distancia.
Esta obra implicó el derribo del paso elevado sobre la CA-33 para ser reemplazado por uno nuevo que conectara con el centro urbano y el centro comercial.
El nuevo vestíbulo de Bahía Sur se abrió parcialmente en las vías 1 y 3 en abril de 2007. La estación, tal como la conocemos hoy en día, se puso en marcha en octubre de 2007, cambiando su denominación a San Fernando-Bahía Sur.
