La Consejería de Salud y Familias, a través de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, puso en marcha en 2020 el Sistema Integrado de Epidemiología Genómica de Andalucía (Siega), como iniciativa "pionera" a nivel nacional para integrar en una sola base de datos y con la filosofía 'One Health' las secuencias genómicas completas de los patógenos de interés en protección de la salud.
Dentro de las actividades de secuenciación genómica completa aplicada a las actividades de protección de la salud se han superado, desde los inicios de los trabajos de secuenciación en 2019, el número de 1.000 genomas bacterianos completos, a diciembre de 2021, que han sido secuenciados bien con financiación propia a través de encargos a medios propios o contratos externos o bien a través de acuerdos de colaboración con otras entidades nacionales o descargas de repositorios internacionales y relativos a Listeria, Salmonella, Campylobacter, E. Coli y Legionella.
En relación a su origen, según se indica en nota de prensa, el 56% son cepas de origen clínico, el 17% de origen alimentario y ambiental, el 9% de ganadería y el 17% de repositorios externos.
Con el fin de facilitar un análisis visual, se ha generado un visor público con datos básicos usando la tecnología de 'nextstrain' en la misma línea que se ha hecho con la secuenciación de covid-19, también liderada por la comunidad autónoma de Andalucía.
Asimismo, se ha diseñado un modelo de informe común para todos los patógenos analizados que incluye información propia del control de calidad de la secuenciación, así como información de identificación de la cepa, de sus perfiles de resistencia así como dos árboles filogenéticos, uno basado en el polimorfismo individual de nucleótidos (SNP en inglés) y otro en base a las diferencias alélicas de esa cepa con el resto de las incluidas en la base de datos.
Los principales resultados se han obtenido en relación con la Listeriosis y la Salmonelosis donde se han podido identificar determinadas situaciones que, si bien necesitan de un estudio en profundidad, ponen de relevancia la potencia de la secuenciación aplicada a las actividades de protección y la necesidad de seguir implementando el enfoque 'One Health' por su potencial repercusión en las actividades de sanidad animal, con el objetivo de identificar orígenes de los patógenos y permitir una actuación temprana, antes del acaecimiento de brotes importantes.
En fases más iniciales por número de cepas se encuentran los mapas epidemiológicos de Campylobacer, E. Coli y Legionella.
ACTIVIDADES DE DIFUSIÓN DE SIEGA
La implantación de este sistema ha sido presentada por parte de esta Consejería en reuniones internacionales como la reunión de la Red de Regiones por la Salud de la OMS, celebrada en Moscú el pasado mes de noviembre. Además, ha sido presentada en foros técnicos nacionales y en sesiones formativas organizadas por la Junta de Andalucía y por otras comunidades autónomas. Para el año 2022 se va a presentar una comunicación científica de Siega en un congreso temático sobre la política 'One Health', organizado por la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA) en Bruselas.
En el mes de diciembre se ha celebrado un curso diseñado por la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica y ejecutado por IAVANTE con la inscripción de más de 500 alumnos de todos los ámbitos del Sistema Sanitario Público de Andalucía (SSPA) y orientado a dar una capacitación básica en esta materia de secuenciación aplicada a actividades de vigilancia y protección.
A corto plazo se pretende fomentar las actividades de investigación aplicada a la genómica para proporcionar al SSPA de herramientas basadas en la gestión de datos y en los fundamentos de la microbiología y la genómica, que exploten la potencialidad de esta nueva herramienta en el sentido de proporcionar alertas así como en el sentido de sistematizar la captura de los metadatos de interés de las distintas bases de datos de referencia.
También se está trabajando en la línea de implementar medidas para avanzar en la generalización de la secuenciación genómica en todo el SSPA de tal manera que se pueda disponer, al igual que para el Covid-19, de secuencias representativas de todo el territorio andaluz, lo que redundará en un beneficio para la salud derivado de una mejora en las intervenciones en salud pública.
